knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX040395.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M01620

4 Motif M00451

5 Motif M00713

6 Motif M01122

7 Motif M01175

8 Motif M00001

9 Motif M01610

10 Motif MA0018.2

11 Motif M00338

12 Motif M00041

13 Motif M01970

14 Motif M00778

15 Motif M01925

16 Motif M00615

17 Motif M01700

18 Motif M01642

19 Motif M01639

20 Motif M02040

21 Motif M01298

22 Motif M00237

23 Motif PBM0110

24 Motif M00244

25 Motif M00797

26 Motif M00976

27 Motif M00428

28 Motif M01096

29 Motif M00986

30 Motif M00491

31 Motif M01241

32 Motif M00108

33 Motif M00973

34 Motif PBM0023

35 Motif M01550

36 Motif PBM0191

37 Motif PBM0176

38 Motif PBM0172

39 Motif M01933

40 Motif M01972

41 Motif M00049

42 Motif M01629

43 Motif PBM0103

44 Motif M01985

45 Motif M01167

46 Motif M01940

47 Motif M00235

48 Motif M00654

49 Motif M01643

50 Motif M01057

51 Motif M02011

52 Motif PBM0027

53 Motif M01559

54 Motif M01509

55 Motif M01303

56 Motif M01002

57 Motif PBM0107

58 Motif M00916

59 Motif M01613

60 Motif M01636

61 Motif MA0117.1

62 Motif M00322

63 Motif M00712

64 Motif M00644

65 Motif M00466

66 Motif M01220

67 Motif M01617

68 Motif M01966

69 Motif M01924

70 Motif PBM0094

71 Motif PBM0131

72 Motif PBM0115

73 Motif PBM0129

74 Motif PBM0128

75 Motif PBM0119

76 Motif PBM0100

77 Motif PBM0101

78 Motif M02039

79 Motif M02038

80 Motif M02037

81 Motif M01992

82 Motif M01989

83 Motif M01987

84 Motif M01982

85 Motif M01981

86 Motif M01980

87 Motif M01979

88 Motif M01976

89 Motif M01163

90 Motif M00032

91 Motif M01990

92 Motif M01986

93 Motif M00262

94 Motif M01660

95 Motif MA0048.1

96 Motif M01243

97 Motif M01114

98 Motif M00940

99 Motif M00939

100 Motif M01492

101 Motif M01563

102 Motif M01118

103 Motif M00263

104 Motif M01951

105 Motif PBM0077

106 Motif M01843

107 Motif M00920

108 Motif M00516

109 Motif M01820

110 Motif M00917

111 Motif M00113

112 Motif M00017

113 Motif PBM0198

114 Motif PBM0181

115 Motif PBM0085

116 Motif M01517

117 Motif M01839

118 Motif M01649

119 Motif MA0003.1

120 Motif M00470

121 Motif M00469

122 Motif M01635

123 Motif M00942

124 Motif PBM0054

125 Motif M01512

126 Motif M01962

127 Motif M01513

128 Motif M01182

129 Motif M01251

130 Motif M01634

131 Motif M00345

132 Motif M00649

133 Motif M00698

134 Motif M00361

135 Motif M01852

136 Motif M01903

137 Motif M00243

138 Motif M01947

139 Motif M01648

140 Motif M00697

141 Motif M00694

142 Motif M00036

143 Motif M01862

144 Motif M00691

145 Motif M00513

146 Motif M01863

147 Motif M01187

148 Motif M01186

149 Motif M00179

150 Motif M00178

151 Motif M01861

152 Motif M00981

153 Motif M00946

154 Motif M00944

155 Motif M00375

156 Motif M00039

157 Motif M00514

158 Motif M00766

159 Motif M00121

160 Motif M00369

161 Motif M00366

162 Motif M01584

163 Motif M01577

164 Motif M00236

165 Motif MA0104.2

166 Motif MA0059.1

167 Motif MA0093.1

168 Motif M00799

169 Motif M00217

170 Motif M01699

171 Motif MA0024.1

172 Motif M00739

173 Motif M00738

174 Motif M00737

175 Motif M00736

176 Motif M00431

177 Motif M00427

178 Motif M00426

179 Motif M00050

180 Motif PBM0066

181 Motif M01567

182 Motif M00807

183 Motif M01958

184 Motif M00258

185 Motif M01959

186 Motif M00154

187 Motif M00936

188 Motif MA0119.1

189 Motif M01196

190 Motif M00740

191 Motif MA0162.1

192 Motif M01068

193 Motif M01219

194 Motif M00982

195 Motif MA0057.1

196 Motif M01113

197 Motif M00918

198 Motif MA0088.1

199 Motif M00425

200 Motif M00008

201 Motif M01673

202 Motif M00069

203 Motif M00246

204 Motif M01111

205 Motif M01927

206 Motif PBM0013

207 Motif M01558

208 Motif PBM0200

209 Motif M01818

210 Motif M01793

211 Motif M00796

212 Motif M00945

213 Motif M00371

214 Motif M00370

215 Motif M00220

216 Motif M00660

217 Motif M00512

218 Motif M01681

219 Motif M01035

220 Motif M01752

221 Motif M01742

222 Motif M00652

223 Motif M00064

224 Motif MA0138.2

225 Motif M01256

226 Motif M00325

227 Motif M00256

228 Motif M01028

229 Motif MA0139.1

230 Motif M01259

231 Motif M01200

232 Motif M01911

233 Motif M00687

234 Motif M00245

235 Motif M01816

236 Motif M01548

237 Motif M01516

238 Motif M00730

239 Motif M02036

240 Motif M01608

241 Motif MA0007.1

242 Motif M00171

243 Motif M01744

244 Motif M00666

245 Motif M00651

246 Motif M00281

247 Motif M01571

248 Motif M00690

249 Motif M00024

250 Motif M01662

251 Motif M01511

252 Motif M00279

253 Motif M01050

254 Motif M01598

255 Motif PBM0081

256 Motif M01124

257 Motif M01938

258 Motif MA0055.1

259 Motif M01302

260 Motif M00788

261 Motif M01782

262 Motif M00693

263 Motif PBM0156

264 Motif PBM0140

265 Motif M01386

266 Motif M01583

267 Motif M01585

268 Motif M00993

269 Motif M00806

270 Motif M00104

271 Motif M01116

272 Motif M01960

273 Motif M01587

274 Motif M01216

275 Motif M00368

276 Motif M00193

277 Motif M00398

278 Motif M01909

279 Motif M00175

280 Motif M01054

281 Motif M01910

282 Motif M00424

283 Motif M01815

284 Motif M00210

285 Motif M01356

286 Motif M01946

287 Motif M01957

288 Motif M00280

289 Motif MA0069.1

290 Motif M00717

291 Motif M01335

292 Motif M00396

293 Motif M01768

294 Motif M00292

295 Motif MA0058.1

296 Motif M01695

297 Motif M00394

298 Motif M00930

299 Motif M00795

300 Motif MA0140.1

301 Motif M00070

302 Motif MA0091.1

303 Motif M00065